文山州不断加强境内生物多样性保护措施，一项计划表明：到２０１5年，文山的国家和省重点保护物种将更加得到有效保护，并逐步恢复到生态群体水平。 文山的生物物种丰富，是全省乃至全国的物种和遗传基因宝库。目前，我州建有各种类型的自然保护区29个，总面积111839.22公顷，占全州国土面积的3.63%。近年来，通过加强自然保护区的建设，有效地保护了森林、野生动植物和生物多样性，使一大批濒危物种种群得到了恢复和发展。据调查，全州已掌握的野生植物种类共有332科，948属，4504种。列入《中国植物红皮书》记载国家级保护的珍贵濒危植物42科，46属，74种，其种数占国家保护名录种数的20.1%,占省保护名录的47%；国家级保护树种21科，31属，34种，占全国保护树种总数25%，占云南省国家保护树种总数40%。野生动物种类兽纲9目，28科，73属，101种，其中：国家一级保护动物12种，国家二级保护动物64种，其它保护动物上百种。由于过去很长一段时间以来，人为活动、滥捕偷猎、特别是不合理开发活动的加剧，使野生动植物的生存空间日益狭小，珍稀物种逐渐减少。 为此，文山州制定了今后5年内的保护规划，规定到２０15年，使全州的自然保护区面积从“十一五”期间占全州总面积的3.63%提高到4%以上。按照“城市群”建设的发展规划，将居住在保护区核心区、缓冲区内的村寨288户2513人有计划、有步骤地实施移民搬迁。搬迁后，将采取封山育林、退耕还林等措施有计划地种植以旱冬瓜为主的水源林尽快恢复森林植被。形成以自然保护地为主、迁地保护地为辅的保护形式，从而使全州自然保护区布局合理、类型齐全，使生物多样性得到有效保护,实现全州极小种群物种保护数量达10个以上。除此之外，推动野生动物驯养繁殖产业,到2015年，野生动物驯养繁殖户由现在的27户发展到100户,存栏数由10万头（只）达到70万头（只）,产值达200万元以上，同时大珍贵稀有树种的发展,使珍贵稀有树种面积达10万亩以上,产值达1亿元，使全州基本实现野生动植物资源的可持续发展与合理利用。