一、明确了林业生态工程建设资金的概念
《办法》所指林业生态工程建设资金，是指用于天然林保护工程、退耕还林工程、三北和长江流域等防护林体系建设工程、京津风沙源治理工程、野生动植物保护及自然保护区建设工程、湿地保护工程、林木种苗工程、重点森林火险区综合治理工程等的中央预算内固定资产投资补助资金（含国债项目资金）。
二、明确了林业生态工程建设资金预算下达的方式和管理要求。
财政部依据有关规定审核、下达林业生态工程建设资金预算，中央本级项目预算下达中央单位；补助地方项目预算，下达省级财政部门，同时抄送国家林业局。省级财政部门在收到中央财政预算文件后，商同级林业部门按规定及时审核下达预算。林业生态工程建设资金实行“先审核，后下达预算”的办法，财政部门按有关规定对不符合要求的项目可以暂缓或停止下达预算。预算下达后，必须严格执行。未经批准，任何单位和个人不得擅自调整。对确需调整的，应严格按照预算调整的相关规定执行。补助地方林业生态工程的中央预算内固定资产投资补助资金要纳入地方同级财政预算管理。
三、规定了林业生态工程建设资金的支出范围。
林业生态工程建设资金必须严格按照国家批复的总体规划、实施方案或初步设计确定的建设内容和标准安排使用，主要用于：前期工作、科技支撑、封山（沙）育林、人工造林、飞播造林（含飞后管护）、森林防火、野生动植物保护及保护区基础设施建设、种苗补助、建设单位管理费、招投标费等。
各地区、各单位不得以任何方式挤占、截留、滞留、挪用建设资金。
四、明确了林业生态工程建设资金监督检查的重点，强调了有关责任追究的要求。
《办法》规定各级财政部门、林业部门要加强对林业生态工程建设资金的监督和检查。对发现的问题，要按照有关规定做出检查结论，并将相关情况上报财政部和国家林业局。对造林任务完成情况；实际造林方式、树种与作业设计比较情况；种苗费、整地费、抚育费等合同签订情况；建设单位管理费；待核销基建支出；地方财政配套资金到位情况；政府采购和招投标情况等进行重点审核。
《办法》强调凡违反规定，弄虚作假，骗取、挤占、滞留、挪用资金或项目未按规定实施的，除将已拨付资金全额收缴国库外，各级财政部门要立即停止对建设单位所在地区的资金拨付，直至纠正。对有关责任人要根据《财政违法行为处罚处分条例》（国务院令第427号）等有关规定进行处理并依法追究行政责任。
