随着新时期林业改革发展的不断推进，云南省林木种苗工作面临许多困难和问题有待突破，主要表现在以下四个方面。 一、林木良种化水平低。目前云南全省年均良种产量近3万公斤，主要造林树种良种使用率仅为40%左右，低于全国51%的平均水平，远远低于河南省90%、江苏省85%的比率，与推进“森林云南”建设、加快林业发展方式转变的要求不相适应。具体表现在：一是良种选育工作薄弱。主要造林树种良种选育由于缺乏项目资金支持，选育工作连续性差，育种效率低，高世代种子园仍为空白。品质好、产量高、抗性强的良种和品种缺乏，难以满足生态建设和产业发展的要求。二是良种结构不合理。目前的良种从种类和数量上都满足不了林业发展的需求。三是良种使用的政策保障机制不健全。造林树种的多样性与良种选育的滞后性矛盾十分尖锐；造林任务性目标与质量效益的要求没有具体的良种使用措施作保证；良种使用的鼓励性政策不落实，良种补贴制度未建立，良种推广使用力度不够，影响广大林农增产增收目标的实现。 二、林木种质资源保存利用滞后。云南省长期以来对优良乡土造林树种种质资源调查不够，许多优良乡土造林树种种质资源家底不清，难以提供优良育种材料，种质资源保护和利用工作难以满足良种事业的发展，丰富的种质资源优势未能转化为良种优势和经济优势，满足不了社会对林木品种多样化的需求，制约了林业资源大省向林业资源强省的转变。 三、林木种苗建设投入不足。林木种苗具有很强的公益性质，离不开政府的公共财政投入和扶持。目前，《中华人民共和国种子法》、《云南省林木种子条例》规定的相关扶持政策未能得到全面建立和落实，林木良种选育、新技术引进研发和推广、种苗质量检验、良种基地建设等基础性投入资金少，不能满足林业生态建设和产业发展对良种壮苗的迫切需求。 四、林木种苗监管能力薄弱。截止到2012年底，云南省仍有1个州（市）和42个县（区、市）未组建种苗管理机构，现有的种苗管理机构普遍存在着职责不清、管理体制不顺、人员素质不高、管理设施设备匮乏等问题。林木种苗执法队伍不稳定，缺乏必要的执法手段和条件。各地种苗生产经营过程中无证生产，以次充好、坑农害农现象时有发生，不经检验，不具备检验合格证、无标签推广使用来源不清种苗，发布虚假广告，误导林农等违法行为在一些地方依然存在，严重影响了云南林业健康和可持续发展。（洪艺娜）